Offre de stage de M2R dans les équipes PMB et GustaBrain

• Centre des Sciences du Goût et de l’Alimentation (CSGA), équipe Gustation & Brain (GustaBrain), Dijon. 
• UMR Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM), équipe Microbiological and Biotechnological Processes (PMB), Dijon.

Dans la nature, la drosophile (Drosophila melanogaster) évolue dans des environnements riches en micro-organismes, notamment des levures et des champignons filamenteux qui se développent sur les fruits en décomposition. Ces champignons jouent un rôle ambivalent, agissant à la fois comme des sources de nutriments essentiels (sucres, acides aminés, lipides) et comme des pathogènes potentiels produisant des toxines. Si la drosophile utilise ses systèmes gustatifs et olfactifs pour évaluer la qualité de ces ressources avant l'ingestion, le devenir de ces micro-organismes au sein du tractus digestif reste une étape clé de l'interaction hôte-microbe. Ce projet s'inscrit dans le cadre plus large du programme FungiTasty, qui vise à décrypter les mécanismes sensoriels et neuronaux de la perception fongique.

L'objectif principal de ce stage est d'étudier précisément le devenir de la levure Saccharomyces cerevisiae (Sc) dans le tractus digestif de la drosophile, en considérant à la fois son transit intestinal et sa capacité de colonisation/persistance. Le stagiaire devra notamment : 
• Comparer les états physiologiques fongiques : Suivre in vivo le transit et la colonisation du tractus digestif en utilisant deux états physiologiques de la levure : les spores et la forme végétative. 
• Évaluer la dynamique de transit digestif : déterminer la progression, la rétention et l’élimination des levures au cours de leur passage dans les différentes régions du tractus digestif. 
• Suivre le développement : Observer l'évolution du transit et de la colonisation au cours des différents stades de développement de l'insecte. • Évaluer l'impact physiologique : Déterminer comment l'état du champignon influence sa persistance et sa localisation dans l'hôte

Pour mener à bien ces recherches, l'étudiant.e mettra en œuvre une approche multidisciplinaire alliant microbiologie et bio-imagerie : 
• Souches mutantes fluorescentes (PAM & CSGA) : Développement et utilisation de souches de Saccharomyces cerevisiae rendues fluorescentes par introduction d’un gène GFP dans leur génome. 
• Imagerie avancée (PAM & CSGA) : Caractérisation de la colonisation par des techniques d'imagerie pour localiser spatialement les levures dans l'intestin. 
• Quantification par cytométrie (PAM & CSGA) : Utilisation de la cytométrie en flux pour quantifier de manière rigoureuse la charge de levures présentes dans l'intestin.

Ce travail permettra de mieux comprendre les interactions dynamiques entre la drosophile et son microbiote fongique dominant, en distinguant les processus de transit digestif, de rétention et de colonisation intestinale En établissant un lien entre l'état physiologique de la levure et sa capacité de colonisation, ces résultats fourniront des données fondamentales sur la plasticité sensorielle et digestive de la drosophile face aux changements environnementaux. À terme, ces connaissances pourraient avoir des retombées en agriculture, notamment pour le développement de stratégies de lutte biologique basées sur l'utilisation de métabolites ou de micro-organismes.

Étudiant en Master 2 de Microbiologie, Biologie Cellulaire ou Bio-ingénierie, ayant un intérêt pour les interactions hôte-microbe et les techniques d'imagerie.